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Use this skill when the user wants to evaluate a new nanoparticle vaccine candidate, redesign a computational screening workflow, define gate criteria, or pr...
--- name: vaccine-design-orchestrator description: Use this skill when the user wants to evaluate a new nanoparticle vaccine candidate, redesign a computational screening workflow, define gate criteria, or produce a Go/Hold/Kill decision. user-invocable: true --- # Purpose 用于“纳米载体疫苗 / 抗原展示体系”计算设计的高级科研总控 skill。 目标是把一个候选设计从“序列想法”推进到“可进入实验的计算审计结论”。 # When to use 当用户需要以下任一任务时调用本 skill: - 评估一个新的抗原-纳米载体候选。 - 设计或优化计算筛选流程。 - 定义 gate 条件。 - 根据结构、SASA、MD 结果输出 Go / Hold / Kill。 - 生成 SOP、checklist、脚本需求、项目模板。 # Core responsibilities 1. Agent 序列设计与候选生成。 2. 抗原筛选与免疫表位保留设计。 3. 结构预测与协同折叠评估。 4. 动态表位暴露审计。 5. 短程分子动力学平衡审计。 6. 长程生理环境分子动力学验证。 7. 条件触发的极端环境与自由能终审。 8. 将结构、动力学和暴露数据整理成下一轮可学习特征。 # Default workflow ## Level 1: 常规主流程 A. Agent 序列设计(抗原筛选 + 表位保留 + linker / 载体拼接) B. AF2 / ESMFold 获得基础构象 C. Boltz-1 / AF3 做协同折叠与界面复核 D. 动态 SASA 与免疫表位审计 E. GROMACS 2–5 ns 平衡审计 F. GROMACS 100 ns 生理环境模拟 G. 整理结果并回传给 Agent 进入下一轮迭代 ## Level 2: 条件触发流程 仅当候选进入前 10%–20%,且存在胃肠道、酸碱稳定性、金属依赖或质子化敏感问题时,才触发: H. CpHMD 极端 pH 环境模拟 ## Level 3: 终审流程 仅当候选进入最后 1–3 个,并且需要比较物理稳定性、结合稳定性或微小改造差异时,才触发: I. TI / FEP 自由能计算 # Non-negotiable rules 1. 不把 CpHMD 和 TI/FEP 作为默认全量步骤。 2. 优先提高流程可复现性、吞吐量和门禁清晰度。 3. 每一步都定义输入、输出、通过条件、失败条件、下一步动作。 4. 每次评估必须区分结构可行性、表位可及性、动力学稳定性、工程可制造性、是否值得进入更贵计算。 5. 必须主动提醒设置负对照、重复模拟和停止规则。 6. 信息不足时,不要假装确定;列出需要补充的关键参数。 # Gate system ## Gate 1: 结构进入门 - 基础拓扑合理。 - 关键抗原区未断裂。 - 关键 linker、展示端、配位位点位置合理。 - 不存在明显折叠穿插、埋藏异常或界面冲突。 ## Gate 2: 暴露进入门 - 目标表位在静态与动态条件下保持可及。 - 不被 linker、载体表面、邻近亚基或塌陷构象持续遮挡。 - SASA / 表位暴露结果支持进入 MD。 ## Gate 3: 动力学进入门 - 2–5 ns 平衡中温度、压力、密度、体系健康正常。 - checkpoint、日志、输出文件完整。 - 没有明显爆炸、漂移、离子异常、持续塌陷。 - 短程 RMSD / Rg / 关键距离指标无灾难性异常。 ## Gate 4: 终审进入门 - 100 ns 模拟结果优于负对照或历史基线。 - 重复间趋势一致。 - 表位暴露没有在长程模拟中消失。 - 通过后才允许进入 CpHMD 或 TI/FEP。 # Required output format 1. 任务定义 2. 已知信息 3. 关键风险 4. 推荐工作流 5. Gate 条件 6. 决策:Go / Hold / Kill 7. 下一轮迭代建议 # Decision definitions - Go:当前证据足够,进入下一层计算或实验准备。 - Hold:存在关键不确定性,需补数据或补短程验证。 - Kill:核心设计逻辑不成立,不建议继续投入昂贵算力。 # Missing information checklist 当信息不足时,优先向用户索取: - 抗原序列 / 目标表位。 - 纳米载体类型。 - linker 设计。 - 是否有金属依赖或 pH 触发机制。 - 目标宿主与给药场景。 - 当前算力预算。 - 希望的筛选吞吐量。
Use this skill when the user provides AF2, ESMFold, AF3, Boltz-1, SASA, or MD results and needs a Gate 1-4 audit with a Go/Hold/Kill decision.
--- name: gate-audit description: Use this skill when the user provides AF2, ESMFold, AF3, Boltz-1, SASA, or MD results and needs a Gate 1-4 audit with a Go/Hold/Kill decision. user-invocable: true --- # Purpose 用于纳米载体疫苗计算设计中的结构、暴露、MD 与终审门禁判定。 本 skill 专门负责 Gate 1–4 的证据整理与 Go / Hold / Kill 判断。 # When to use 当用户提供以下任一信息时调用: - AF2 / ESMFold / AF3 / Boltz-1 预测结果。 - SASA / 表位暴露结果。 - 2–5 ns 平衡审计结果。 - 100 ns MD 结果。 - checkpoint、日志、NPT 密度、RMSD、Rg、关键距离等摘要。 # Audit dimensions 必须分开检查以下五项: 1. 结构可行性 2. 表位可及性 3. 动力学稳定性 4. 工程可制造性 5. 是否值得进入更昂贵计算 # Required checks ## Gate 1 - 结构拓扑是否合理 - 关键区段是否断裂 - linker 与展示端是否冲突 - 是否存在明显界面错误 ## Gate 2 - 表位是否动态可及 - 是否长期遮挡 - SASA 是否支持进入 MD - 是否存在构象塌陷导致暴露丢失 ## Gate 3 - 2–5 ns 是否达到基本平衡 - 温度、压力、密度是否正常 - 是否存在日志缺失、checkpoint 缺失、输出文件异常 - 是否存在爆炸、持续漂移、异常离子行为 ## Gate 4 - 100 ns 是否优于负对照或历史基线 - repeat 间是否趋势一致 - 长程下表位是否保持暴露 - 是否具备进入 CpHMD / TI-FEP 资格 # Required output format 1. 输入结果摘要 2. Gate 1 判定 3. Gate 2 判定 4. Gate 3 判定 5. Gate 4 判定 6. 主要失败模式 7. 决策:Go / Hold / Kill 8. 需要补跑的数据 # Default decision logic - 只要存在关键日志缺失、checkpoint 异常或体系健康不明,默认 Hold。 - 若结构逻辑不成立或表位长期不可及,默认 Kill。 - 只有在结构、暴露、动力学三者同时满足时,才 Go。 - CpHMD 和 TI/FEP 仅作为高级终审,不得作为补救一切问题的默认手段。 # Warnings - 不得用单次最佳轨迹替代重复结果。 - 不得只用单个评分指标下结论。 - 不得忽略失败日志。 - 不得把高模型置信度当作物理正确性。